Tartusse jõudis adventkuulutus 1903. aastal, mil Peterburist suunati Tartusse evangeeliumitööline J. Juurikson. Esimesed vaimulikud koosolekud peeti erakorterites, sest puudus koosolekuruum ja luba evangeeliumitööks. Esimene evangeeliumitöö vili valmis 21. mail 1904. aastal, mil ristiti esimesed 8. inimest. See on Tartu adventkoguduse algus. Sellest ajast alates hakkas kogudus tasapisi kasvama, esialgu käidi koos kodugrupina, seejärel koliti palvelasse. 1910. aastal oli kogudus juba 60-liikmeline ja koos käis ka 12-liikmeline laulukoor. Kooskäimise ja evangeeliumikuulutamise kohti on kogudusel olnud Tartu linnas üle kümne. Oma kirikuhoone, Lille 18 valmis 1929. aastal. Seni oli koguduse püsivamaks asupaigaks olnud vahelduvalt Võru 10. Kirikuhoone ehitasid üles koguduse liikmed, vaid töödejuhataja oli palgatud väljastpoolt.
Heade mõtete linna kogudus paistis Eesti Vabariigi ajal silma innovaatilisuse poolest, siit lasti eetrisse kristlikku raadioprogrammi. Kogudusel oli ka oma sotsiaalprogramm Tartu linnas, mis toetas puudustkannatajaid.
Teise maailmasõja ajal jäi kirik püsima tänu Jumala kaitsele. Lille tänav tehti pommitamise käigus maatasa, ainuke püsimajäänud hoone oli adventkirik. Tänu peab ütlema ka toonasele kogudusevanemale, kes ise majas elades aitas ära hoida tulekahju.
1963. aastal oli kogudus sunnitud valitsuse korraldusel asuma koos metodisti kogudusega Sõbra tn 19 Vene Apostliku Õigeusu kiriku ruumidesse, kus oli ühiselt kasutada selle kiriku keldrisaal. 1991. aastal sai kogudus oma Lille tn kirikuhoone tagasi. Teinud seal kapitaalremondi, asub kogudus 1993. aastast alates jälle oma kirikus.
Üheksakümnendate aastate algus nägi kogudus kiiret kasvu, millele aitas kaasa religioosne vabanemine ning põnevad ja paljunäinud evangelistid välismaalt. Natukene väiksemana on kogudus jõudnud tänapäeva.